W dniu 23 października 2006 roku Uczelnia podpisała z Wojewodą Podlaskim umowę o dofinansowanie projektu pt.: Wyposażenie laboratoriów przedmiotowych dla Państwowej Wyższej Szkoły Zawodowej w Suwałkach” ze środków Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego w ramach Zintegrowanego Programu Operacyjnego Rozwoju Regionalnego - Priorytet I. Rozbudowa i modernizacja infrastruktury służącej wzmacnianiu konkurencyjności regionów, Działanie 1.3 - Regionalna Infrastruktura Społeczna, Poddziałanie 1.3.1 Regionalna infrastruktura edukacyjna. Ogólna wartość projektu 1.125.68,42zł w tym dofinansowanie dla PWSZ w Suwałkach 844 326,32zł.
Głównym celem projektu jest wyposażenie laboratoriów przedmiotowych z agrofizyki, botaniki i mikrobiologii, chemii i chemii rolnej w nowoczesne, w wysokiej jakości specjalistyczne urządzenia, sprzęt i aparaturę laboratoryjną wraz ze sprzętem komputerowym, umożliwiającym studentom praktyczną naukę zawodu oraz zapewnienie wysokiej jakości edukacji. Ponadto, zakup nowoczesnej aparatury i sprzętu i wyposażenia daje możliwość włączenia się Państwowej Wyższej Szkoły w Suwałkach w program badania i monitoringu środowiska na danym terenie.
Działania prowadzone w ramach projektu wzmacniają rolę Państwowej Wyższej Szkoły Zawodowej w Suwałkach jako nowoczesnego ośrodka naukowo – badawczego Dzięki realizacji projektu nastąpi wzrost jej potencjału naukowo – badawczego.